１９９８年，我国实施天然林保护工程，给新疆林业带来了新的历史契机。自治区林业局党委紧紧抓住这一契机，及时调整林业发展战略，坚持“生态效益第一”思想，把实施天保工程与整个林业改革与发展结合起来，有力地推动了新疆林业持续发展。 按照国务院正式批准的天然林保护工程实施方案，新疆天山西部林业局、阿尔泰山林业局及新疆２３个县、４１个工程施工单位、兵团农四师４个工程施工单位管理的山区森林、河谷林全部纳入“天保工程”实施范围，新疆林业进入了一场深刻的历史变革。 １２０００多名林业职工由昔日的“伐木人”变为“护林人”、“育林人”。这个思想大弯子一下子转不过来，天保工程进展一度受到影响。自治区林业局党委多次召开会议，举办局场长和党委书记学习班，印发宣传材料，引导干部群众充分认识到“破坏生态环境就是破坏生产力，保护生态环境就是保护生产力，改善生态环境就是发展生产力”的深刻道理。为确保工程顺利实施，自治区及时成立了天然林保护工程领导小组和天然林资源保护中心及相应的组织实施机构。到目前为止，工程区已建成１１６个森林管护所、３５８个森林管护站，尚有８２个管护所和４２５个管护站正在积极按计划进行建设。实现了覆盖全林区的管护网点建设、制度建设，建立了有效的森林管护方式。目前已有２６６４名护林人员，在林区常年担负着森林资源的管护、林地管理、护林防火、病虫害防治和野生动植物保护等森林管护工作。 实施天然林保护工程后，国家对新疆山区林木实行限额采伐，各林场的资金来源减少了。为解决资金困难，个别林场领导违背上级规定和有关政策，擅自决定超伐林木。自治区林业局领导对这类明知故犯，执法犯法的事一律严肃查处，决不姑息迁就。２０００年以来，全区曾有３个山区林场的场长，顶风作案，擅自决定超伐林木或以清理风倒木为由盗伐林木，在社会上影响很坏。这３个林场场长的职务，不仅被撤销，同时还被依法追究刑事责任。之后，自治区林业局党委还以此为教训，在全局各林场开展了警示教育。 为杜绝超伐林木现象再度发生，自治区林业局加强了木材生产管理，同时与各林场签订了限额采伐责任状，严格按照计划进行采伐，并由天然林保护中心配合资源管理部门赴现场督查实施。阿尔泰山林业局从２００２年开始各林场不再从事木材生产，改由局统一设计、统一调运、统一生产、统一销售，明确提出自觉接受社会监督和内部各职能部门监督，制定下发了“四统一”“两监督”木材生产管理办法，提出“宁可少采一百方，也不多砍一棵树”“宁可经济受损失，也不让生态环境遭破坏”的经营理念，同时，还规范了木材市场，降低了生产成本，提高了经济效益。 随着对天然林区实施禁伐或限伐和对天然林的有效管护、封山育林等建设的加强，森林生长量高于自然损量和采伐量。森林面积比１９９７年增加了１０．３１万公顷，增幅达到９．６％；森林蓄量也由１９９７年的１．９６亿立方米增加到２００２年的２．１３亿立方米，增长了８．６７％。森林资源面积和蓄积量的增加，使林分质量总体上也得到了改善。 同时，自治区林业局还决定，用新兴产业代替传统的木材产业，重点是抓好培育三大产业：以木材精深加工为主的林产业；以养殖业种植业和林果业为主的林地产业，以天山、阿尔泰山生态风光旅游为主的森林旅游业，此思路使新疆走出了新的发展道路，实现林业生态、经济、社会的可持续发展。 各林场充分利用林区独具特色的多种资源优势，大力发展多种经营项目，尽可能地分流富余人员。目前，全局已拥有１０万亩土地，养羊３．８万只，牛１１５０多头，马鹿１４４０多头，种植饲草料２万余亩，并经营白哈巴、贾登峪、天池等６个国家级森林公园，３０个自治区级森林公园和近百个森林旅游景点，森林公园总面积达到８３万公顷，多种经营项目等林业后续产业从业人员１４３５人，年产值由１９９７年的１１７６．６万元上升到２００２年的７５６８万元，实现利润１４３５万元。